结构化学选读

结构化学选读结构化学选读课程基本目的课程基本目的 生物大分子结构与生物分子识别的基本原理生物大分子结构与生物分子识别的基本原理 研究生物大分子结构与识别的生物物理化学方法研究生物大分子结构与识别的生物物理化学方法 生物大分子结构与生物分子识别研究进展生物大分子结构与生物分子识别研究进展课程主要内容1、蛋白质及核酸结构原理蛋白质及核酸结构原理2 2、蛋白质结构预测方法、蛋白质结构预测方法3 3、蛋白质折叠研究、蛋白质折叠研究4 4、用于蛋白质、核酸构象研究的光谱学方法、用于蛋白质、核酸构象研究的光谱学方法 （紫外、荧光、圆二色光谱等）（紫外、荧光、圆二色光谱等）5 5、生物分子识别研究的物理化学方法、生物分子识别研究的物理化学方法 （等温滴定量热，超速离心等）（等温滴定量热，超速离心等）6 6、 生物大分子结构测定生物大分子结构测定7 7、蛋白质及药物分子设计、蛋白质及药物分子设计 蛋白质结构分类：蛋白质结构分类：球蛋白球蛋白（水溶性蛋白）（水溶性蛋白）膜蛋白膜蛋白纤维蛋白纤维蛋白蛋白质功能分类 催化功能催化功能 运输功能运输功能 营养和贮存功能营养和贮存功能 收缩和运动功能收缩和运动功能 结构功能结构功能 防御功能防御功能 调控功能调控功能 其它其它蛋白质折叠问题 蛋白质序列、结构、功能蛋白质序列、结构、功能 序列结构结构功能功能有关的蛋白质结构数据库 蛋白质晶体结构数据库 Brookhaven PDB (生物信息服务器） RCSB-PDB （http:/www.rcsb.org) 蛋白质结构分类库SCOPCATHPDBSUM一级结构一级结构 二级结构二级结构 三级结构三级结构 四级结构四级结构蛋白质的一级结构2020种氨基酸残基由肽键相连成的序列种氨基酸残基由肽键相连成的序列AGPFSCHEDSGPFCSFPGA?.蛋白质结构原理1、20种标准氨基酸种标准氨基酸疏水性Ala Val Leu Ile Phe Pro Met带电：Arg Lys Asp Glu (His)极性：Ser Thr Cys Asn Gln His Tyr Trp特殊：Gly (Pro)2、多肽链状结构、多肽链状结构3、二硫键、二硫键CYS-S-H + H-S-CYS CYS-S-S-CYS 20种标准氨基酸种标准氨基酸疏水性疏水性Ala Val Leu Ile Phe Pro Met带 电 ：带 电 ： A r g Ly s Asp Glu (His)极性：极性：Ser Thr Cys Asn Gln His Tyr Trp特殊：特殊：Gly (Pro)氨基酸的稳定性与后修饰氨基酸的稳定性与后修饰Cys, MetAsnSer, Thr, TyrGlyProHis0.360Cys0.210Ser0.130Lys0.100Thr0.100Asn0.080Arg0.055Gln0.050Glu0.050Asp0.045Ala0.025Met0.025Ile-0.005Tyr-0.040Val-0.060Gly-0.070Phe-0.120Trp-0.140Leu-0.180Pro-0.200氨基酸残基在活性部位出现的几率氨基酸残基在活性部位出现的几率。